PLATEFORME DE GEO-MICROBIOLOGIE EXPERIMENTALE (GEMME)

Responsable

Fériel Skouri-Panet IMPMC-UMR7590

Conseil Scientifique de la Plateforme

Karim Benzerara et Georges Ona-Nguema IMPMC-UMR7590

Personnels impliqués avec leur laboratoire d’affiliation

Céline Férard et Mélanie Poinsot IMPMC-UMR7590

Objectifs et missions de la plateforme

La plateforme de géo-microbiologie expérimentale permet une étude interdisciplinaire des microorganismes et des mécanismes biologiques impliqués dans les biominéralisations et les processus géochimiques (précipitation de carbonates, réactions redox du Fe, S, N, etc.). La plateforme regroupe les appareils nécessaires pour cultiver et étudier des microorganismes aérobies et anaérobies depuis la préparation de milieux stériles, jusqu’à l’incubation des cultures, leur manipulation et leur observation, en passant par le stockage de souches  et la possibilité d’analyser les acteurs moléculaires (acides nucléiques et protéines) grâce à des techniques de biologie moléculaire ou de biochimie permettant de mieux comprendre les processus d’intérêt géologique étudiés.

Descriptif : liste des équipements

• Préparation de milieux : Systèmes de production Eau ultrapure (18mΩ), autoclaves (capacité jusqu’à 30 litres), laveur de laboratoire
• Cultures des microorganismes : incubateurs, agitateurs thermostatés, bioreacteur de 2L, rampe de filtration, rampe de dégazage pour les cultures anaérobies
• Stockages : chambre froide, congélateurs -20°C et -80°C
• Préparation d’échantillons : hottes à flux laminaire, centrifugeuses, ultramicrotome et contournement de point critique
• Imagerie : microscope optique à épifluorescence
• Analyses Biomolécules : spectrophotomètre (Nanodrop), fluorimètre (Qubit), appareil PCR, appareils d’électrophorèse pour acides nucléiques et protéines, système de chromatographie FPLC, Diffusion dynamique de la lumière (DLS)

Modalités de fonctionnement

Pour toute demande adresser un mail à Fériel Skouri-Panet : feriel.skouri@impmc.upmc.fr

Le comité scientifique de la plateforme étudiera cette demande. Suivant la nature du projet, le ou les instruments à mobiliser et l’autonomie du demandeur, l’accès aux instruments et la sollicitation des membres de la plateforme seront évalués et un devis sera proposé. Une formation sur les instruments et la signature de la charte des utilisateurs seront obligatoires.

Intégrations dans les réseaux nationaux et internationaux, projets sur lesquels s’est appuyée la plateforme

Projets Interrvie, EC2CO, EXOMOD, ERC Calcyan, ANR SRB, ANR-ECOTECH CERVEAU-NP,  ANR MaNOFE

Bilan d'activité de la plateforme, publications et thèses (2012-2017)

La plateforme a été utilisée par des projets d’ampleur et des thèses, stages de Master et postdoc visant l’étude du rôle des microorganismes dans les cycles globaux du carbone, du phosphate, du soufre, de l’azote et du fer. Nous avons recensé 1 brevet, 55 publications impliquant l’utilisation de la plateforme dont des articles dans Science et PNAS et dans l’accompagnement de 10 thèses.